Bei Chain Reaction geht es Darum die Moleküle wieder zusammen zu bringen. Die Moleküle haben verschiedene Farben. Ziel ist es die Moleküle zusammen zu bringen, damit sie von dem Spielfeld verschwinden. Um eine Molekülkette vom Spielfeld zu räumen müssen 4 Moleküle mit der gleichen Farbe aneinander sein. Es kommen immer neue Moleküle dazu. Man muss verhindern, dass die Moleküle die Decke erreichen. Wenn man genug Molekülketten verschwinden lässt erreicht man die höheren Levels. Je höher der Level, desto schneller kommen neue Moleküle von unten. Das Spiel hat eine Zeitbegrenzung.